總大腸桿菌存在於水生環境、土壤和植被中，通常寄生於人類和溫血動物的胃腸系統。糞便大腸桿菌是總大腸桿菌的一個特定亞群，其中最常見的菌群是埃希氏大腸桿菌（E.coli）。